Bestyrelsen består af syv medlemmer og en suppleant, der vælges for henholdsvis to og ét år med mulighed for genvalg. Man kan dog maksimalt sidde i bestyrelsen i en sammenhængende periode på seks år. Efter valget på landsmødet konstituerer bestyrelsen sig selv med leder, viceleder og kasserer. Alle, som har været medlem af Amnesty mindst 6 måneder forud for landsmødet kan stille op. Bestyrelsen vedtager foreningens budget og strategi, fastlægger medlemsaktiviteter og deltager i det internationale samarbejde.